Trong giai đoạn khởi nghiệp, chính sách ưu đãi thuế đóng vai trò quan trọng giúp doanh nghiệp mới giảm gánh nặng tài chính và tạo nền tảng phát triển ổn định. Bài viết dưới đây ECA tổng hợp các quy định nổi bật về miễn, giảm và ưu đãi thuế áp dụng cho doanh nghiệp mới thành lập theo quy định hiện hành.

1. Các chính sách ưu đãi thuế nổi bật

1.1. Miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 3 năm đầu

Căn cứ theo tiết 2.1, tiểu mục 2, Mục III, Nghị quyết 68-NQ/TW năm 2025, doanh nghiệp nhỏ và vừa được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) trong 03 năm đầu thành lập.

Theo Điều 4, Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa năm 2017 và Điều 5, Nghị định 80/2021/NĐ-CP, doanh nghiệp nhỏ và vừa bao gồm doanh nghiệp siêu nhỏ, nhỏ và vừa có số lao động tham gia BHXH bình quân năm không vượt quá 200 người, đồng thời đáp ứng ít nhất một trong hai tiêu chí sau:

• Tổng nguồn vốn không vượt quá 100 tỷ đồng
• Doanh thu năm liền kề không vượt quá 300 tỷ đồng.

Tùy theo lĩnh vực hoạt động (nông nghiệp, công nghiệp, thương mại dịch vụ), quy mô cụ thể của từng nhóm doanh nghiệp được xác định khác nhau. Chính sách miễn thuế 3 năm đầu giúp doanh nghiệp mới giảm áp lực chi phí, có thêm nguồn lực để đầu tư vào nhân sự, công nghệ và mở rộng sản xuất.

1.2. Miễn lệ phí môn bài trong 1-3 năm đầu

Căn cứ Nghị định 139/2016/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định 22/2020/NĐ-CP:

• Doanh nghiệp mới thành lập được miễn lệ phí môn bài trong năm đầu tiên (từ 01/01 đến 31/12). 
• Doanh nghiệp nhỏ và vừa chuyển đổi từ hộ kinh doanh theo quy định tại Điều 16, Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa được miễn lệ phí môn bài trong 03 năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.

Chính sách này đặc biệt có ý nghĩa với các hộ kinh doanh đang muốn mở rộng quy mô, chuyển đổi sang mô hình doanh nghiệp mà chưa phải chịu thêm gánh nặng thuế phí ngay từ năm đầu hoạt động.

1.3. Giảm 2% thuế giá trị gia tăng (GTGT)

Tại Nghị quyết 204/2025/QH15 và Nghị định 174/2025/NĐ-CP, Quốc hội quyết định giảm 2% thuế suất GTGT (từ 10% xuống còn 8%) cho nhiều nhóm hàng hóa, dịch vụ trong giai đoạn từ 01/7/2025 đến hết 31/12/2026.

Chính sách không áp dụng đối với các lĩnh vực đặc thù như:

• Viễn thông, tài chính ngân hàng, bảo hiểm, chứng khoán, kinh doanh bất động sản,
• Sản phẩm kim loại, khai khoáng (trừ than),
• Hàng hóa, dịch vụ chịu thuế tiêu thụ đặc biệt (trừ xăng).

Việc giảm thuế GTGT được thực hiện thống nhất ở tất cả các khâu: nhập khẩu, sản xuất, gia công, thương mại, qua đó giúp giảm chi phí đầu vào và kích cầu tiêu dùng, tạo môi trường thuận lợi cho doanh nghiệp mới bước vào thị trường.

1.4. Miễn thuế xuất, nhập khẩu cho dự án đầu tư mới

Theo quy định tại Điều 16, Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu năm 2016, hướng dẫn bởi Nghị định 134/2016/NĐ-CP (đã được sửa đổi bởi Nghị định 18/2021/NĐ-CP và Nghị định 104/2022/NĐ-CP), doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư mới được miễn thuế nhập khẩu đối với:

• Máy móc, thiết bị,
• Phương tiện vận tải chuyên dùng,
• Vật tư, linh kiện nhập khẩu để tạo tài sản cố định cho dự án.

Ưu đãi này chủ yếu áp dụng cho doanh nghiệp hoạt động trong khu kinh tế, khu công nghiệp hoặc tại địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn. Chính sách giúp doanh nghiệp giảm chi phí đầu tư ban đầu, khuyến khích sản xuất trong nước và mở rộng năng lực công nghệ.

1.5. Miễn, giảm thuế tài nguyên cho dự án đặc thù

Căn cứ Điều 10, Thông tư 152/2015/TT-BTC, một số trường hợp được miễn thuế tài nguyên gồm:

• Khai thác hải sản tự nhiên;
• Khai thác nước thiên nhiên phục vụ sinh hoạt;
• Khai thác đất, đá để xây dựng công trình an ninh, quốc phòng, đê điều;
• Khai thác tre, trúc, nứa, lồ ô phục vụ nhu cầu sinh hoạt.

Ngoài ra, các dự án đầu tư có yếu tố bảo vệ môi trường hoặc triển khai tại địa bàn khó khăn có thể được xem xét miễn hoặc giảm thuế tài nguyên tùy theo quyết định của Bộ Tài chính. Chính sách này góp phần khuyến khích doanh nghiệp phát triển theo hướng bền vững, thân thiện môi trường.

2. Thủ tục xin miễn, giảm thuế cho doanh nghiệp mới thành lập

Doanh nghiệp mới thành lập muốn hưởng ưu đãi thuế cần thực hiện đầy đủ các bước sau:

Bước 1: Xác định loại thuế được miễn hoặc giảm

Rà soát chính sách hiện hành và điều kiện doanh nghiệp (lĩnh vực, quy mô, địa bàn).

Bước 2: Chuẩn bị hồ sơ đề nghị

Gồm:

• Văn bản đề nghị miễn, giảm thuế;
• Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp;
• Tài liệu chứng minh điều kiện ưu đãi (nếu có, ví dụ dự án đầu tư tại địa bàn ưu đãi);
• Hồ sơ kèm theo cho từng loại thuế như lệ phí môn bài, TNDN, xuất nhập khẩu.

Bước 3: Nộp hồ sơ

Nộp trực tiếp tại cơ quan thuế quản lý hoặc nộp trực tuyến qua Cổng thông tin Tổng cục Thuế.

Bước 4: Theo dõi quá trình xử lý

Cơ quan thuế xem xét và phản hồi trong 10 đến 15 ngày làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ hợp lệ. Nếu cần bổ sung, doanh nghiệp sẽ nhận thông báo bằng văn bản.

Bước 5: Nhận và lưu trữ kết quả

Sau khi được chấp thuận, doanh nghiệp nhận Quyết định hoặc Thông báo miễn, giảm thuế và lưu cùng hồ sơ kế toán để phục vụ kiểm tra, quyết toán sau này.

3. Một số thắc mắc thường gặp

3.1. Thời điểm miễn thuế TNDN được tính từ khi nào?

Theo Nghị quyết 198/2025/QH15, thời điểm miễn thuế TNDN được tính từ ngày doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận đăng ký lần đầu và kéo dài liên tục trong 03 năm đầu hoạt động.

3.2. Sau 3 năm miễn thuế, còn được hưởng ưu đãi khác không?

Theo Nghị định 218/2013/NĐ-CP, sửa đổi tại Nghị định 91/2014/NĐ-CP:

Doanh nghiệp đầu tư mới có thể miễn thuế 2 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo, hoặc áp dụng thuế suất ưu đãi 10% trong 15 năm hay 17% trong 10 năm, tùy lĩnh vực, địa bàn hoạt động.

3.3. Doanh nghiệp chuyển đổi từ hộ kinh doanh có được hưởng ưu đãi không?

Có. Doanh nghiệp nhỏ và vừa chuyển đổi từ hộ kinh doanh được:

• Miễn lệ phí môn bài 3 năm
• Miễn thuế TNDN 3 năm đầu
• Hưởng ưu đãi đặc biệt cho doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, bao gồm miễn thuế thu nhập cá nhân, miễn thuế khi chuyển nhượng cổ phần, và giảm 50% thuế trong 4 năm tiếp theo đối với một số thu nhập đặc thù.

Tóm lại, chính sách ưu đãi thuế dành cho doanh nghiệp mới thành lập năm 2025 là nền tảng quan trọng giúp doanh nghiệp giảm chi phí, ổn định tài chính và mở rộng quy mô trong giai đoạn khởi nghiệp.

Doanh nghiệp cần nắm rõ điều kiện, căn cứ pháp lý và thực hiện thủ tục kịp thời để tận dụng tối đa quyền lợi được hưởng, từ đó tạo tiền đề vững chắc cho quá trình phát triển lâu dài.

Nguyệt Nga