Trang chủ Tin tức Hướng dẫn 2 cách nộp thuế hải quan điện tử nhanh chóng, đơn giản

Hướng dẫn 2 cách nộp thuế hải quan điện tử nhanh chóng, đơn giản

Bởi: eca.com.vn - 06/04/2026 Lượt xem: 92 Cỡ chữ tru cong

Nộp thuế hải quan điện tử là giải pháp giúp doanh nghiệp hoàn thành nghĩa vụ thuế nhanh chóng, chính xác, tiết kiệm thời gian khi làm thủ tục xuất nhập khẩu. Bài viết dưới đây chữ ký số ECA hướng dẫn 2 cách nộp thuế hải quan điện tử đơn giản, dễ thực hiện để doanh nghiệp tham khảo và áp dụng.

Mục lục:

1. Điều kiện doanh nghiệp cần đáp ứng để nộp thuế hải quan điện tử

2. Các phương thức nộp thuế hải quan điện tử đang áp dụng

3. Một số lưu ý khi doanh nghiệp nộp thuế hải quan điện tử 

Để thực hiện nộp thuế hải quan điện tử, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ một số điều kiện cơ bản sau:

  • Chữ ký số còn hiệu lực

Chữ ký số dùng trong nộp thuế hải quan điện tử phải được doanh nghiệp đăng ký với cơ quan Hải quan và đang trong thời hạn sử dụng. Chữ ký số này phải do tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số công cộng được Bộ Thông tin và Truyền thông cấp phép, đáp ứng đầy đủ các yêu cầu kỹ thuật theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử.

Chữ ký số phải còn hiệu lực để đăng ký nộp thuế hải quan. 
  • Tài khoản khai báo hải quan điện tử hợp lệ

Doanh nghiệp cần có tài khoản khai báo hải quan điện tử đã được đăng ký và kích hoạt trên Cổng thông tin điện tử Hải quan, hệ thống VNACCS/VCIS hoặc các phần mềm khai báo được cơ quan Hải quan chấp thuận. Thông tin đăng ký bao gồm mã số thuế, thông tin nhận diện doanh nghiệp, địa chỉ, số điện thoại liên hệ và phải được xác thực theo đúng quy trình của cơ quan Hải quan.

  • Tài khoản thanh toán tại ngân hàng phối hợp thu

Doanh nghiệp phải mở tài khoản thanh toán tại ngân hàng thương mại nằm trong danh sách ngân hàng đã ký thỏa thuận phối hợp thu với Tổng cục Hải quan. Tài khoản này cần được đăng ký sử dụng chức năng nộp thuế điện tử và bảo đảm thông tin doanh nghiệp, mã số thuế được đồng bộ với hệ thống Hải quan.

Khi thực hiện nộp thuế, tài khoản phải có đủ số dư và đáp ứng điều kiện trích nợ tự động hoặc thanh toán trực tuyến theo quy định của ngân hàng và cơ quan Hải quan.

  • Mã số thuế doanh nghiệp hợp lệ

Mã số thuế của doanh nghiệp phải do cơ quan Thuế cấp và được cập nhật chính xác, thống nhất trên hệ thống khai báo hải quan điện tử, tài khoản ngân hàng và các chứng từ nộp thuế. Đồng thời, mã số thuế phải đang ở trạng thái hoạt động, không bị tạm ngừng hoặc thu hồi, nhằm bảo đảm việc xác nhận nghĩa vụ thuế được thực hiện chính xác và thông suốt giữa các hệ thống quản lý.

Hiện nay, doanh nghiệp có thể thực hiện nộp thuế hải quan điện tử theo hai hình thức phổ biến sau:

2.1. Nộp thuế qua Cổng thanh toán điện tử Hải quan 

Truy cập Cổng thanh toán điện tử hải quan để đăng ký tài khoản. 

Bước 1: Đăng ký tài khoản nộp thuế điện tử

Doanh nghiệp truy cập Cổng thanh toán điện tử Hải quan tại địa chỉ https://epayment.customs.gov.vn để đăng ký tài khoản. Khi đăng ký, cần kê khai đầy đủ thông tin doanh nghiệp, email, số điện thoại liên hệ và thiết lập ủy quyền trích nợ từ tài khoản ngân hàng đã liên kết.

Bước 2: Lập và gửi bảng kê nộp thuế

Sau khi đăng nhập hệ thống, doanh nghiệp tải mẫu Bảng kê nộp thuế 01/BKNT. Hệ thống sẽ tự động hiển thị các thông tin liên quan đến tờ khai. Doanh nghiệp kiểm tra dữ liệu, lựa chọn số tiền cần nộp, ngân hàng trích nợ và thực hiện ký số. Khi hoàn tất, hệ thống cấp mã ID cho chứng từ nộp tiền.

Bước 3: Hải quan gửi yêu cầu trích tiền

Hệ thống Hải quan tiếp nhận thông tin, xác thực và chuyển thông điệp yêu cầu trích tiền đến ngân hàng mà doanh nghiệp đã đăng ký.

Bước 4: Ngân hàng thực hiện trích nợ và chuyển tiền

Ngân hàng kiểm tra tính hợp lệ của chữ ký số và thông tin giao dịch, sau đó trích tiền từ tài khoản doanh nghiệp để nộp vào ngân sách nhà nước. Trường hợp giao dịch bị từ chối, ngân hàng sẽ phản hồi để doanh nghiệp xử lý.

Bước 5: Hải quan xác nhận hoàn thành nghĩa vụ thuế

Sau khi nhận thông tin thanh toán thành công, hệ thống Hải quan tự động đối chiếu, trừ nợ và cập nhật trạng thái thông quan cho lô hàng.

Bước 6: Hạch toán thu ngân sách

Kho bạc Nhà nước gửi dữ liệu giao dịch đã xác nhận về hệ thống Hải quan để hoàn tất công tác hạch toán thuế.

2.2. Nộp thuế qua Internet Banking/Mobile Banking của ngân hàng liên kết

Bước 1: Chuẩn bị

Doanh nghiệp cần có tài khoản tại ngân hàng nằm trong danh sách phối hợp thu với cơ quan Hải quan, đồng thời bảo đảm đã đăng ký tài khoản khai báo hải quan điện tử, có chữ ký số hợp lệ và đầy đủ thông tin nghĩa vụ thuế phát sinh.

Bước 2: Đăng nhập

Doanh nghiệp truy cập Internet Banking hoặc Mobile Banking của ngân hàng đã liên kết, chọn chức năng nộp thuế hoặc thanh toán thuế hải quan điện tử.

Bước 3: Nhập thông tin nộp thuế

Nhập mã số thuế, số tờ khai hải quan hoặc các thông tin theo yêu cầu. Hệ thống ngân hàng sẽ tự động truy vấn và hiển thị các khoản thuế phải nộp.

Bước 4: Xác nhận giao dịch thanh toán

Doanh nghiệp kiểm tra lại toàn bộ thông tin, lựa chọn khoản thuế cần nộp và xác nhận trích nợ tài khoản bằng các phương thức xác thực như OTP theo quy định của ngân hàng.

Bước 5: Ngân hàng xử lý và chuyển dữ liệu

Ngân hàng thực hiện trích tiền từ tài khoản doanh nghiệp và gửi thông tin thanh toán sang hệ thống Hải quan và Kho bạc Nhà nước.

Bước 6: Hải quan cập nhật trạng thái thông quan

Hệ thống Hải quan tiếp nhận dữ liệu, đối chiếu nghĩa vụ thuế, xác nhận đã nộp và cập nhật trạng thái hoàn thành nghĩa vụ, cho phép thông quan hàng hóa.

Doanh nghiệp lưu ý khi nộp thuế hải quan điện tử. 

Khi thực hiện nộp thuế hải quan điện tử, doanh nghiệp cần chú ý một số vấn đề sau:

  • Thường xuyên kiểm tra tình trạng hệ thống

Doanh nghiệp nên định kỳ rà soát hoạt động của thiết bị máy tính, phần mềm khai báo hải quan điện tử, chữ ký số, đường truyền Internet và tài khoản thanh toán tại ngân hàng phối hợp thu.

Trước khi thực hiện giao dịch nộp thuế hải quan điện tử lần đầu, doanh nghiệp cần đăng ký và kích hoạt tài khoản VNACCS/VCIS theo quy định của cơ quan Hải quan. Đồng thời, phải liên kết đầy đủ các thông tin liên quan như chữ ký số, mã số thuế, tài khoản doanh nghiệp và tài khoản ngân hàng.

  • Đối chiếu thông tin trước khi xác nhận nộp thuế

Trước khi xác nhận thanh toán, doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ các thông tin trên chứng từ nộp thuế như: mã số thuế, số tờ khai hải quan, số tiền nộp, loại thuế, kỳ nộp, thông tin ngân hàng, mã cơ quan hải quan và kho bạc.

  • Lưu trữ đầy đủ chứng từ sau khi hoàn thành nghĩa vụ thuế

Sau khi nộp thuế thành công, doanh nghiệp cần lưu giữ đầy đủ các chứng từ điện tử như giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước, biên lai điện tử, mã giao dịch hoặc xác nhận từ hệ thống Hải quan, Kho bạc. 

Chữ ký số ECA của Công ty PTCN Thái Sơn sẵn sàng đồng hành cùng doanh nghiệp để thực hiện khai báo hải quan, đăng ký tài khoản và nộp thuế điện tử. 

Liên hệ ngay với chúng tôi để được hỗ trợ tư vấn nhanh nhất!

Nguyệt Nga